Imponujące bogactwo form organizmów żywych dzięki wysiłkowi wielu pokoleń uczonych zostało ujęte w system oparty na przyjętej przez Karola Linneusza zasadzie podobieństw strukturalnych.
Klasyfikacja ta, której istotą jest szeregowanie gatunków blisko ze sobą spokrewnionych w grupy nadrzędne, zwane jednostkami systematycznymi, nie tylko wprowadza ład do zagmatwanego obrazu różnorodności świata zwierząt, ale pozwala także wejrzeć w przebieg jego różnicowania się na przestrzeni dziejów rozwój u ewolucyjnego. W miarę postępu wiedzy wprowadza się jednak i dziś do już istniejącego systemu liczne modyfikacje, bądź przedstawia się nowe propozycje rozwiązywania poszczególnych problemów. Stąd też wywodzi się i pewna zmiana w traktowaniu grupy ryb, do której należy szczupak. Dawniejsze systemy taksonomiczne wyodrębniają je w osobny rząd szczupakokształtnych (Esociformes, synonim — Haplomi), późniejsze (za Bergiem, 1940) zaliczają do rzędu śledziokształtnych (Clupeiformes). Drugi wariant, przejęty przez powszechnie stosowaną dziś klasyfikację Bertina i Arambourga (Grasse, 1958), określa stanowisko systematyczne szczupaka w sposób następujący:
Typ
strunowce — Chordata
Podtyp
kręgowce — Vertebrata
Nadgromada
szczękowce — Gnathostomata
Gromada
ryby — Pisces
Podgromada
kostnoszkieletowe — Osteichthyes
Niadirząd
kościste — Teleostomi
Rząd
śledziokształtne — Clupeiformes
Podrząd
szczupakowce — Esocoidei
Rodzina
szczupakowate — Esocidae
Rodzaj
szczupak — Esox Linnaeus, 1758
Gatunek
szczupak — Esox lucius Linnaeus, 1758
Zestawienie szczupaka z rybami śledziokształtnymi, choć na pozór zaskakujące, znalazło uzasadnienie w analizie szczegółów anatomicznych. Wiele cech uważanych za pierwotne — na przykład połączenie pęcherza pławnego z przewodem pokarmowym, cykloidalna łuska, miękkie i członowane promienie płetw, budowa niektórych elementów kostnych — wskazuje na wspólne pochodzenie obydwu grup. Uważa się, że grupa szczupakowców wyodrębniła się z głównego pnia ryb śledziokształtnych pod koniec ery mezozoicznej, przed około stu milionami lat, poprzez formy zbliżone do dzisiejszych stynkowatych (Osmeridae), z którymi wykazuje najbliższe pokrewieństwo. Dalsza ewolucja przebiegała w trzech kierunkach prowadząc do powstania trzech współcześnie żyjących rodzin podrzędu Esocoidei.
STANOWISKO SYSTEMATYCZNE
