Duże straty w pogłowiu szczupaków powstają w wyniku inwazji tasiemca kotwicznika (Triaenophorus nodulosus), bardzo pospolitego w wodach otwartych. Nazwa pochodzi od charakterystycznych haków ułożonych na głowie w formę przypominającą kotwiczkę. Cykl rozwojowy podobny do wyżej opisanego z wyłączeniem człowieka i ssaków. Ostatecznym żywicielem jest ryba drapieżna, a drugim po widłonogu żywicielem pośrednim — ryba planktonożerna, często więc także młodociany szczupak żywiący się jeszcze planktonem. Plerocerkoidy kotwicznika, budową zbliżone do postaci dojrzałych, osiedlają się najczęściej w wątrobie i przy licznym występowaniu powodują jej zwyrodnienie, a w efekcie zaburzenia w funkcjonowaniu całego organizmu i śnięcia.
Rysunek. Plerocerkoid kotwicznika (Trieanophorus) na wątrobie szczupaka (fot. J. Waluga).
Dojrzały tasiemiec przebywa w przewodzie pokarmowym osobników, które rozpoczęły żywić się rybami i nie wywołuje schorzeń, jeśli występuje nielicznie. Zdarzają się jednak masowe inwazje, doprowadzające czasem do zupełnego wypełnienia jelita, przy czym, wskutek poważnych uszkodzeń błony śluzowej i zakłóceń przebiegu procesów trawiennych, może również nastąpić śmierć żywiciela.
Z innych, poza tasiemcami, robaków pasożytniczych często spotyka się u szczupaków nicienie (zwłaszcza gatunek Raphidascaris acus) i kolcogłowy (Acantocephalus lucii), lecz ich chorobotwórcze działanie nie przedstawia groźby z gospodarczego punktu widzenia. Przyczyną strat w pogłowiu młodych osobników może stać się pasożytująca w przewodzie pokarmowym przywra Azygia lucii. Obserwowane czasem zmętnienie oka szczupaków wywoływane jest przez inną przywrę — Diplostomum spathaceum, której ostatecznymi żywicielami są ptaki wodne, a ryba drugim po ślimaku żywicielem pośrednim. Masowe nagromadzenie się drobnych larw tego pasożyta w soczewce oka może spowodować ślepotę.
Do bardzo dokuczliwych pasożytów zewnętrznych należą przedstawiciele skorupiaków: widłonóg Ergasilus sieboldi i śpiewka Argulus foliaceus. Pierwszy swoją budową przypomina wolno żyjące widłonogi planktonowe, z tym, że czułki uległy przekształceniu w mocne haki czepne, którymi przytwierdza się do skrzeli. Można go łatwo na nich dostrzec w postaci białych punkcików występujących często w dużej ilości. Żywi się krwią i nabłonkiem skrzelowym powodując — przy współudziale atakującej zranione miejsca pleśni — obumieranie znacznej powierzchni tkanek. Pleśniawka i zakażenia bakteryjne mogą także wystąpić przy inwazji śpiewek — owalnych, tarczowato spłaszczonych, przezroczystych skorupiaków o dość znacznych rozmiarach (do 1 cm). Splewki przytwierdzają się do skóry przyssawkami i po nakłuciu jej .pobierają krew i soki tkankowe.
Zapobieganie chorobom inwazyjnym jest praktycznie możliwe tylko poprzez kontrolę zdrowotności wpuszczanego materiału zarybieniowego. Ma to szczególne uzasadnienie przy przenoszeniu narybku ze stawów, gdzie wobec dużego zagęszczenia ryb w swoistych warunkach środowiskowych inwazje pasożytów są zjawiskiem częściej notowanym i przybierają groźniejsze rozmiary.
Mniej liczne od inwazyjnych i nie tak różnorodne pod względem przyjmowanych form, lecz za to groźniejsze w skutkach, są choroby zakaźne, do których należy dziesiątkujący populacje wielu jezior pomór szczupaka, zwany także plamicą. Pojawia się zazwyczaj wiosną po tarle lub na początku lata, najczęściej u osobników dorosłych, ale niekiedy atakuje także młode ryby. Zmiany chorobowe występują początkowo pod naskórkiem i stają się widoczne w postaci otoczonych przekrwieniami ubytków skórnych. W miarę rozwoju choroby ubytki sięgają w głąb mięśni i są obrzeżone białymi pasami martwiejącej, pozbawionej łusek skóry.
Rysunek. Zaawansowane objawy pomoru szczupaka (fot. J. Waluga).
Zlokalizowane przeważnie na bokach tułowia, obejmują czasem także głowę odsłaniając niektóre kości mózgoczaszki, pokryw skrzelowych i szczęk, W obrębie ubytków z reguły nie obserwuje się procesów ropnych; miejsca te nie są też atakowane przez pleśń. Dotychczas nie udało się zidentyfikować czynnika wywołującego zakażenie. Mimo wyodrębnienia z chorych osobników bakterii, które są podobne do występujących przy posocznicy karpia, nie wyklucza się ewentualności wirusowego podłoża choroby.
W wodach słonawych niemieckiego pobrzeża Bałtyku stwierdzono (Schaperclaus, 1928) masowe zachorowania szczupaków w okresie rozwoju ramienicy węgorzy i wyodrębniono z chorych sztuk tę samą bakterię — Vibrio anguillarum. Pierwsze objawy występowały już wczesną wiosną w postaci białawych, obwiedzionych przekrwieniem plam na skórze, które później, w miesiącach letnich, przekształcały się w szersze ogniska zapalne i niekiedy w wyraźne ubytki skóry. Choroba atakowała również oczy, powodując ślepnięcie.
Choroby zakaźne w wodach otwartych można zwalczać jedynie przez zapobieganie rozprzestrzenianiu się czynnika zakażającego. Osiąga się to poprzez intensywne odławianie ryb chorych oraz usuwanie i palenie lub zakopywanie martwych. W żadnym razie nie wolno przerzucać sprzętu połowowego z jezior dotkniętych chorobą do zbiorników wolnych od niej. Po zakończeniu połowów sprzęt należy odkazić. Jeśli pomór co jakiś czas powtarza się w tym samym jeziorze, wskazane jest całkowite wyłowienie stamtąd szczupaka i, jeśli to możliwe, zastąpienie go sandaczem.
Obserwowane czasem zniekształcenia ciała szczupaków tworzą jeszcze jedną grupę schorzeń, których występowanie jednak ze względu na sporadyczność nie pociąga za sobą żadnych konsekwencji gospodarczych. Skrzywienia bądź skrócenia kręgosłupa, zniekształcenia w budowie czaszki i szczęk mogą powstawać w wyniku zranień lub jako wady wrodzone. Spotyka się także osobniki ze zregenerowanymi lub nadliczbowymi płetwami. Do rzadkości należą zmiany nowotworowe.
Rysunek. Rozcięty guz nowotworowy na przygłowowej części tułowia szczupaka (fot. J. Waluga).
