Ciało pokryte jest skórą, która na głowie, w miejscach pozbawionych mięśni, przylega bezpośrednio do kości. Szczególnie wyraźnie rysują się pod nią kości oczodołowe, szczękowe i pokrywy skrzelawe. Wytworem skóry są łuski ułożone szeregami wzdłuż segmentów mięśniowych tak, aby ochronny pancerz nie ograniczał ruchów tułowia. Łuski szczupaka zalicza się do typu cykloidalnych. Krawędź skierowana ku ogonowi jest zaokrąglona, natomiast przeciwległą część dwa (rzadziej występują trzy lub jedno) głębokie wcięcia dzielą na płaty, z których środkowy zachodzi na skrajne. Część podzielona tkwi skośnie w torebce skórnej pod wolnym końcem łuski poprzedzającej. W ten sposób tworzą się podłużne rzędy łusek ułożonych dachówkowato i z wierzchu przykrytych naskórkiem. W rzędzie biegnącym wzdłuż linii bocznej naliczyć można 121—144 sztuk. Nad mim przebiega 14—17 rzędów, a pod -spodem — 12—15.
Pod naskórkiem i w głębszej warstwie torebek skórnych rozmieszczone są komórki zawierające drobne ziarenka substancji barwnych. Różne kombinacje ich wzajemnego względem siebie ułożenia decydują o efektach kolorystycznych. Ciemny kolor nadają skórze skupienia melanofarów — komórek z barwnikiem czarnym i brązowym. Dominujący u szczupaka odcień zielony powstaje ze zmieszania barwy niebieskiej i żółtej. Niebieski barwnik u ryb nie występuje, lecz efekt takiego koloru wytwarza się w miejscach, gdzie nad warstwą melanoforów grupują się komórki zawierające guaninę. Kryształki tej substancji rozszczepiają wiązkę światła i jeśli tło jest ciemne, wszystkie promienie prócz niebieskich zostają pochłonięte. Gdy na obie warstwy nałoży się trzecia, złożona z komórek wypełnionych ziarenkami barwnika żółtego, powstaje wrażenie Zieleni. Jeśli pod kryształkami guaniny zabraknie podkładu ciemnego, odbijają one światło dając barwę srebrzystą, a u szczupaka — w kombinacji z żółtym barwnikiem — efektowny złotawy połysk.
Opisany tu mechanizm powstawania barw pomaga zrozumieć przyczyny ich zmienności w różnych środowiskach. Komórki barwnikowe — zwłaszcza melanofory — są uczulone na bodźce odbierane przez oko. Pod wpływem światła ziarenka barwnika gromadzą się w centrum komórki i wtedy następuje rozjaśnianie kolorytu, natomiast przy ograniczonym oświetleniu, gdy pozostają w stanie rozproszenia, barwa przybiera ton ciemniejszy. Z czystych rzek i z jezior o przezroczystej wodzie wyławia się więc szczupaki z ciemnobrązowym grzbietem, prawie białym brzuchem i bokami nasyconymi zielenią, od której wyraźnie odcinają się żółte lub oliwkowe plamy. W zbiornikach o dnie mulistym i mętnej wodzie grzbiet czernieje, zieleń na bokach staje się szara lub szarobrunatna, plamy mniej jaskrawe, a brzuch żółtawy, często zaznaczony ciemniejszymi piętnami. Czarne lub brązowe cętki zdobią powierzchnię żółtobrunatnych płetw, na których spotyka się również nieznaczną domieszkę czerwieni. Ubarwienie zmienia się także z wiekiem. U młodych, jednorocznych osobników zieleń na bokach jest szczególnie soczysta, a jasne plamy skupiają się w poprzeczne, aż na grzbiet zachodzące pręgi. Doniesienia Lawlera (1960), który stwierdził, że w jeziorach Manitoby 0,2% normalnej populacji stanowi różniący się ubarwieniem „srebrny szczupak”, wskazują na możliwość powstawania odmian utrwalonych dziedzicznie (za Tonerem, 1966). We wszystkich przytoczonych odmiennościach barwa szczupaków jest doskonale dopasowana do otoczenia i świetnie spełnia rolę maskującą. Wśród roślin wodnych, na tle zielonych, żółtych bądź brunatnych pędów i liści, czatujący drapieżnik staje się prawie niedostrzegalny dla nadpływającej zdobyczy. Oglądany natomiast z góry wygląda jak ciemna kłoda lub fragment zatopionej gałęzi.
Skoro wspomniano o zróżnicowaniu barwy, warto jeszcze zwrócić uwagę na często rzucające się w oczy odmiany kształtu. Przyczyny ich powstawania nie zostały dotąd wyjaśniane. W rzekach przeważają formy smukłe i wąskie, choć i wśród nich nie brak indywidualnych różnic w budowie. W jeziorach natomiast, oprócz typowych osobników o kształcie wydłużonym, łowi się niekiedy zaskakująco krótkie, krępe, z nieproporcjonalnie dużą głową. Nie ustalono, czy jest to domieszka wyodrębniona genetycznie, czy skrajna odmiana tego samego szeregu zmienności.
